生態系統包括多種生物群體，有植物、動物和微生物。植物利用光能及無機元素制造有機物；動物攝取植物，而動植物遺體及排泄物，既是微生物的食料，又需要經微生物加工分解，才能再度被植物利用吸收。植物—動物—微生物共同構成了生態系統的基本結構，并通過該結構完成系統中物質循環和能量轉化過程，生態系統中的物質循環和能量流動，稱為生態系統的功能。結構和功能既互相適應，又存在矛盾，推動著生態系統的變化。一般情況下，結構改變必然影響到功能，功能破壞即導致結構衰退。

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